sn-prepare-citations

处理 sn-deep-research 的 stitched.md：从 evidence.json 收集 sources[]，将正文中的 [^source_id] 转换为 [N] 编号引用，插入 L0/TOC，并追加参考文献。

推荐用法（sn-deep-research v2）

python3 scripts/prepare_citations.py \
  --report <report_dir>/stitched.md \
  --evidence <report_dir>/sub_reports/d1.evidence.json <report_dir>/sub_reports/d2.evidence.json \
  --outline <report_dir>/outline.json \
  --output <report_dir>/report.md

参数

参数	说明
--report	输入 markdown。sn-deep-research 中通常是 stitched.md
--evidence	全部 d*.evidence.json，用于收集 source 元数据和修复 claim-id 泄漏
--outline	可选但推荐。提供 L0、TOC 和标题结构信息
--output	输出 markdown。sn-deep-research 中通常是 report.md
--no-l0	关闭 L0 摘要层渲染
--no-toc	关闭 TOC 渲染

处理逻辑

1. 从所有 evidence.json 的 sources[] 收集引用元数据。
2. 按 URL 归一化去重，同 URL source 合并为同一编号。
3. 检测 [^dN.cM] claim-id 引用泄漏；能映射到 claim evidence 时替换为对应 source_id，不能映射则报告 unresolved。
4. 扫描正文中的 [^source_id]，按首次出现顺序分配编号。
5. 替换 [^source_id] → [N]，移除脚注定义行。
6. 根据 outline 插入或校准 L0 / TOC。
7. 追加 ## 参考文献。
8. 写出 report.md 和同目录 citations.json。
9. stdout 输出结构化 JSON，包含 orphan citations、claim-id leakage、TOC 和 L0 状态。

控制器处理要求

• orphan_citations 非空：不要交付，回 writer/stitcher 修正引用或删除 unsupported 内容。
• claim_id_leakage.unresolved 非空：不要交付，回 writer 修正 [^dN.cM]。
• claim_id_leakage.resolved 非空但 unresolved 为空：可以继续，但记录为警告；writer 后续应直接输出 [^source_id]。

旧兼容模式

不传 --outline / --output 时，脚本会覆写 --report 指向的文件，仅做引用编号和参考文献追加。sn-deep-research 正常流程不使用该模式。